MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0912.1 Hoxd3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.190000 0.370000 0.050000 0.390000 0.190000 0.080000 0.080000 0.650000 0.140000 0.100000 0.600000 0.160000 0.366337 0.099010 0.326733 0.207921 0.237624 0.089109 0.435644 0.237624 0.140000 0.240000 0.290000 0.330000 0.010101 0.141414 0.000000 0.848485 0.878788 0.121212 0.000000 0.000000 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.010000 0.000000 0.010000 0.980000 0.000000 0.000000 0.121212 0.878788 0.848485 0.000000 0.141414 0.010101 0.373737 0.373737 0.141414 0.111111 0.237624 0.435644 0.089109 0.237624 0.118812 0.366337 0.306931 0.207921 0.090000 0.220000 0.210000 0.480000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0912.1 MOTIF MA0912.2 HOXD3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 15665 E= 0 0.017619 0.741462 0.052793 0.188126 0.000000 0.006414 0.000000 0.993586 0.951516 0.048484 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.234184 0.765816 0.868854 0.000000 0.131146 0.000000 0.049032 0.617154 0.218857 0.114957 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0912.2