MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0873.1 HOXD12 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 1367 E= 0 0.460132 0.113387 0.384053 0.042429 0.215460 0.171924 0.607286 0.005331 0.000702 0.034386 0.005614 0.959298 0.002182 0.994182 0.003636 0.000000 0.131345 0.001269 0.867386 0.000000 0.000726 0.007257 0.000000 0.992017 0.859208 0.000000 0.001257 0.139535 0.997810 0.000000 0.002190 0.000000 0.964714 0.000000 0.004234 0.031052 0.713093 0.096505 0.025039 0.165363 0.393275 0.352339 0.056287 0.198099 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0873.1 MOTIF MA0909.1 HOXD13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 1087 E= 0 0.045998 0.632935 0.270469 0.050598 0.017045 0.572443 0.005682 0.404830 0.609389 0.307352 0.000000 0.083260 0.924731 0.000000 0.036290 0.038978 0.000000 0.001451 0.000000 0.998549 0.862155 0.000000 0.000000 0.137845 0.989928 0.004317 0.000000 0.005755 0.998549 0.001451 0.000000 0.000000 0.806565 0.087925 0.039859 0.065651 0.353198 0.300872 0.106105 0.239826 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0909.1 MOTIF MA0909.2 HOXD13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 368 E= 0 0.122283 0.494565 0.350543 0.032609 0.085302 0.482940 0.431759 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.724409 0.275591 0.000000 0.000000 0.986595 0.000000 0.013405 0.000000 0.016043 0.000000 0.000000 0.983957 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.968421 0.000000 0.031579 0.000000 0.834467 0.165533 0.000000 0.000000 0.584127 0.395238 0.020635 0.000000 0.163043 0.823370 0.008152 0.005435 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0909.2 MOTIF MA0912.2 HOXD3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 15665 E= 0 0.017619 0.741462 0.052793 0.188126 0.000000 0.006414 0.000000 0.993586 0.951516 0.048484 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.234184 0.765816 0.868854 0.000000 0.131146 0.000000 0.049032 0.617154 0.218857 0.114957 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0912.2 MOTIF MA1507.1 HOXD4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 3405 E= 0 0.348311 0.207048 0.339207 0.105433 0.000000 0.258008 0.000000 0.741992 0.452996 0.547004 0.000000 0.000000 0.950852 0.000000 0.049148 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.946096 0.000000 0.053904 0.000000 0.323642 0.154185 0.336858 0.185316 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1507.1 MOTIF MA0910.2 HOXD8 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 3628 E= 0 0.148015 0.111632 0.630375 0.109978 0.000000 0.592287 0.000000 0.407713 0.543101 0.449865 0.007034 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.041261 0.000000 0.117524 0.841215 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.259851 0.463764 0.151832 0.124552 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0910.2 MOTIF MA0913.2 HOXD9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 19190 E= 0 0.067744 0.045440 0.852684 0.034132 0.000000 0.595733 0.002560 0.401707 0.614965 0.324827 0.025368 0.034839 0.960721 0.013269 0.025775 0.000235 0.012969 0.000000 0.000000 0.987031 0.750046 0.000367 0.000000 0.249587 0.992539 0.000000 0.000000 0.007461 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.744619 0.100205 0.055336 0.099841 0.253560 0.354703 0.132555 0.259182 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0913.2 MOTIF MA0319.1 HSF1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 101 E= 0 0.683168 0.128713 0.128713 0.059406 0.019802 0.019802 0.019802 0.940594 0.190000 0.000000 0.810000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.060000 0.560000 0.190000 0.190000 0.484848 0.111111 0.232323 0.171717 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0319.1 MOTIF MA0486.1 HSF1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 225 E= 0 0.111111 0.364444 0.248889 0.275556 0.035556 0.115556 0.053333 0.795556 0.013333 0.048889 0.035556 0.902222 0.004444 0.986667 0.008889 0.000000 0.017778 0.315556 0.026667 0.640000 0.568889 0.031111 0.395556 0.004444 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.831111 0.106667 0.013333 0.048889 0.826667 0.026667 0.066667 0.080000 0.195556 0.280000 0.324444 0.200000 0.173333 0.275556 0.297778 0.253333 0.057778 0.071111 0.040000 0.831111 0.035556 0.022222 0.017778 0.924444 0.000000 0.968889 0.008889 0.022222 0.026667 0.391111 0.080000 0.502222 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0486.1 MOTIF MA0486.2 HSF1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 1562 E= 0 0.040973 0.011524 0.016005 0.931498 0.007397 0.002690 0.011432 0.978480 0.006089 0.984438 0.006089 0.003383 0.001944 0.175413 0.115646 0.706997 0.642101 0.187114 0.169462 0.001324 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.988451 0.005435 0.001359 0.004755 0.976510 0.002685 0.002685 0.018121 0.048044 0.489362 0.109128 0.353466 0.336770 0.130584 0.406873 0.125773 0.016835 0.003367 0.000000 0.979798 0.004090 0.001363 0.002727 0.991820 0.002048 0.993174 0.002048 0.002730 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0486.2