MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0673.1 NKX2-8 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 8563 E= 0 0.226790 0.412122 0.332010 0.029079 0.006489 0.793733 0.000000 0.199778 0.885144 0.061511 0.000000 0.053344 0.001612 0.985724 0.000000 0.012664 0.000000 0.010517 0.000000 0.989483 0.001952 0.271346 0.000000 0.726702 0.202990 0.264775 0.500584 0.031651 0.694742 0.073677 0.056475 0.175105 0.373044 0.229386 0.302850 0.094721 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0673.1 MOTIF MA0124.1 NKX3-1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 20 E= 0 0.650000 0.050000 0.150000 0.150000 0.000000 0.050000 0.000000 0.950000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.950000 0.000000 0.050000 0.050000 0.000000 0.000000 0.950000 0.050000 0.000000 0.000000 0.950000 0.950000 0.000000 0.050000 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0124.1 MOTIF MA0122.2 NKX3-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 5712 E= 0 0.385504 0.180672 0.282038 0.151786 0.157716 0.525290 0.260438 0.056557 0.003366 0.915531 0.002885 0.078218 0.930596 0.017107 0.007983 0.044314 0.028644 0.962426 0.004381 0.004549 0.000865 0.006231 0.004327 0.988577 0.004381 0.033193 0.000000 0.962426 0.815650 0.050978 0.024704 0.108668 0.501801 0.117632 0.215760 0.164807 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0122.2 MOTIF MA0674.1 NKX6-1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 2213 E= 0 0.182106 0.314053 0.331676 0.172164 0.000000 0.258925 0.000000 0.741075 0.584545 0.334441 0.000000 0.081014 0.897727 0.081169 0.004870 0.016234 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.025054 0.019438 0.000000 0.955508 0.926298 0.011307 0.055276 0.007119 0.655219 0.132851 0.064166 0.147763 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0674.1 MOTIF MA0675.1 NKX6-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 18935 E= 0 0.198627 0.320676 0.276102 0.204595 0.056020 0.374313 0.038908 0.530759 0.503057 0.335888 0.046655 0.114400 0.947603 0.015514 0.009559 0.027325 0.029920 0.000000 0.000000 0.970080 0.102038 0.092322 0.022781 0.782859 0.912178 0.017824 0.037335 0.032662 0.526619 0.182582 0.087673 0.203127 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0675.1 MOTIF MA1530.1 NKX6-3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 6905 E= 0 0.202752 0.395510 0.394352 0.007386 0.000000 0.397803 0.000000 0.602197 0.018971 0.837322 0.066088 0.077619 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.063339 0.000000 0.936661 0.907848 0.000000 0.092152 0.000000 0.583918 0.066712 0.032045 0.317325 0.441645 0.198378 0.128149 0.231827 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1530.1 MOTIF MA0710.1 NOTO letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 21405 E= 0 0.263069 0.265452 0.305022 0.166456 0.033953 0.613529 0.027066 0.325452 0.214566 0.120964 0.017324 0.647146 0.700673 0.292875 0.000000 0.006452 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.016799 0.002785 0.018955 0.961461 0.843846 0.000000 0.081093 0.075061 0.328802 0.180145 0.358748 0.132306 0.190507 0.360226 0.256610 0.192656 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0710.1 MOTIF MA1531.1 NR1D1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 6996 E= 0 0.462121 0.051172 0.480560 0.006146 0.002181 0.000273 0.898991 0.098555 0.007660 0.000000 0.990538 0.001802 0.000000 0.024384 0.194957 0.780658 0.000000 0.608395 0.000185 0.391421 0.998335 0.000303 0.000303 0.001060 0.094769 0.188173 0.671418 0.045641 0.002880 0.016847 0.030670 0.949604 0.533970 0.013737 0.450650 0.001643 0.000000 0.000000 0.855605 0.144395 0.001210 0.000000 0.997882 0.000908 0.026836 0.054051 0.088195 0.830918 0.000142 0.938256 0.012662 0.048940 0.875133 0.000531 0.121683 0.002654 0.253829 0.232297 0.274299 0.239575 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1531.1 MOTIF MA1532.1 NR1D2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 1838 E= 0 0.401523 0.065832 0.498912 0.033732 0.016007 0.000445 0.735883 0.247666 0.024460 0.002275 0.941411 0.031854 0.002250 0.041404 0.211521 0.744824 0.014329 0.388771 0.005403 0.591496 0.932394 0.000000 0.016338 0.051268 0.142598 0.180665 0.522659 0.154079 0.033774 0.062653 0.093490 0.810083 0.442452 0.019665 0.514748 0.023135 0.005677 0.000000 0.671127 0.323195 0.023310 0.002331 0.964452 0.009907 0.062271 0.057234 0.122711 0.757784 0.012888 0.666532 0.053967 0.266613 0.713055 0.007755 0.238690 0.040500 0.235650 0.167976 0.276133 0.320242 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1532.1 MOTIF MA0115.1 NR1H2::RXRA letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 25 E= 0 0.680000 0.200000 0.000000 0.120000 0.680000 0.040000 0.200000 0.080000 0.800000 0.000000 0.200000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.960000 0.040000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.960000 0.000000 0.000000 0.040000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.800000 0.040000 0.080000 0.080000 0.000000 0.600000 0.240000 0.160000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0115.1