MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0780.1 PAX3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 10576 E= 0 0.188540 0.022977 0.037254 0.751229 0.980380 0.003949 0.011846 0.003825 0.993870 0.003002 0.001501 0.001626 0.001115 0.012512 0.002106 0.984267 0.001496 0.656815 0.007732 0.333957 0.335500 0.006000 0.657625 0.000875 0.986344 0.002731 0.007076 0.003849 0.000000 0.001756 0.001756 0.996488 0.007124 0.011914 0.005158 0.975804 0.841988 0.024693 0.020877 0.112442 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0780.1 MOTIF MA1546.1 PAX3(var.2) letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 1345 E= 0 0.150929 0.382900 0.160595 0.305576 0.069008 0.542206 0.285890 0.102896 0.000679 0.001358 0.912424 0.085540 0.112422 0.049068 0.003727 0.834783 0.005491 0.820012 0.014033 0.160464 0.983175 0.001463 0.013899 0.001463 0.008333 0.861538 0.001282 0.128846 0.106906 0.000664 0.892430 0.000000 0.002217 0.617886 0.375462 0.004435 0.146577 0.308036 0.094494 0.450893 0.380669 0.169517 0.102602 0.347212 0.694574 0.078553 0.182429 0.044444 0.034223 0.029432 0.016427 0.919918 0.051330 0.085343 0.032158 0.831169 0.775534 0.038084 0.062320 0.124062 0.289963 0.242379 0.269888 0.197770 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1546.1 MOTIF MA0068.2 PAX4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 522 E= 0 0.070881 0.637931 0.090038 0.201149 0.107209 0.055453 0.221811 0.615527 0.985207 0.005917 0.000000 0.008876 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.014793 0.985207 0.048387 0.029570 0.026882 0.895161 0.748315 0.200000 0.024719 0.026966 0.243112 0.150729 0.539708 0.066451 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0068.2 MOTIF MA0014.2 PAX5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 19 nsites= 896 E= 0 0.291295 0.254464 0.371652 0.082589 0.351562 0.065848 0.247768 0.334821 0.343750 0.033482 0.609375 0.013393 0.273438 0.165179 0.375000 0.186384 0.000000 0.188616 0.507812 0.303571 0.043527 0.821429 0.000000 0.135045 0.854911 0.023438 0.092634 0.029018 0.169643 0.181920 0.594866 0.053571 0.010045 0.600446 0.039062 0.350446 0.194196 0.467634 0.328125 0.010045 0.604911 0.008929 0.383929 0.002232 0.599330 0.018973 0.206473 0.175223 0.000000 0.239955 0.757812 0.002232 0.003348 0.838170 0.018973 0.139509 0.353795 0.018973 0.602679 0.024554 0.170759 0.045759 0.172991 0.610491 0.251116 0.006696 0.735491 0.006696 0.655134 0.036830 0.247768 0.060268 0.169643 0.744420 0.027902 0.058036 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0014.2 MOTIF MA0014.3 PAX5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 1412 E= 0 0.382436 0.126771 0.409348 0.081445 0.442635 0.104816 0.250708 0.201841 0.012748 0.106941 0.871813 0.008499 0.012748 0.903683 0.024079 0.059490 0.078612 0.024788 0.880312 0.016289 0.066572 0.062323 0.021246 0.849858 0.011331 0.026204 0.959632 0.002833 0.880312 0.027620 0.049575 0.042493 0.022663 0.924221 0.040368 0.012748 0.048867 0.765581 0.083569 0.101983 0.266997 0.286827 0.220963 0.225212 0.186261 0.285411 0.254249 0.274079 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0014.3 MOTIF MA0069.1 PAX6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 43 E= 0 0.046512 0.093023 0.093023 0.767442 0.046512 0.046512 0.000000 0.906977 0.093023 0.604651 0.023256 0.279070 0.906977 0.046512 0.023256 0.023256 0.069767 0.790698 0.023256 0.116279 0.023256 0.000000 0.953488 0.023256 0.023256 0.860465 0.093023 0.023256 0.488372 0.046512 0.046512 0.418605 0.023256 0.093023 0.023256 0.860465 0.046512 0.325581 0.581395 0.046512 0.837209 0.000000 0.139535 0.023256 0.255814 0.255814 0.302326 0.186047 0.023256 0.116279 0.069767 0.790698 0.023256 0.000000 0.395349 0.581395 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0069.1 MOTIF MA0680.1 PAX7 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 4553 E= 0 0.149132 0.014935 0.021524 0.814408 0.989328 0.004803 0.004269 0.001601 0.999192 0.000808 0.000000 0.000000 0.001605 0.005618 0.000803 0.991974 0.002672 0.784073 0.006414 0.206841 0.303882 0.007229 0.688889 0.000000 0.994635 0.000000 0.002682 0.002682 0.003226 0.000000 0.000000 0.996774 0.005581 0.006644 0.002392 0.985384 0.909715 0.017664 0.011531 0.061089 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0680.1 MOTIF UN0133.1 PAX8 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 7787 E= 0 0.165661 0.368820 0.191730 0.273790 0.072881 0.621648 0.220480 0.084991 0.004935 0.002167 0.937410 0.055489 0.090061 0.118053 0.002028 0.789858 0.004210 0.819703 0.003263 0.172824 0.967694 0.002112 0.018390 0.011804 0.001870 0.856577 0.000440 0.141113 0.019613 0.001257 0.979130 0.000000 0.000875 0.756925 0.242006 0.000194 0.421564 0.105769 0.052831 0.419836 0.012202 0.293997 0.000178 0.693623 0.001914 0.415082 0.578538 0.004466 0.675631 0.003730 0.319250 0.001388 0.190959 0.358418 0.261205 0.189418 0.046413 0.344068 0.031494 0.578025 0.269197 0.004701 0.678043 0.048059 0.291859 0.482537 0.218413 0.007191 0.222550 0.260434 0.292667 0.224348 0.029017 0.531214 0.070636 0.369133 0.290832 0.292630 0.180663 0.235876 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0133.1 MOTIF MA0781.1 PAX9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 3984 E= 0 0.038655 0.604920 0.295181 0.061245 0.000000 0.000000 0.997383 0.002617 0.020983 0.004071 0.001879 0.973066 0.000000 0.956665 0.000000 0.043335 0.977677 0.021418 0.000603 0.000302 0.000000 0.935304 0.000000 0.064696 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.835595 0.164405 0.000000 0.597985 0.026974 0.004225 0.370816 0.000307 0.020878 0.000000 0.978815 0.000604 0.284105 0.714688 0.000604 0.868206 0.000000 0.131794 0.000000 0.180238 0.412344 0.278760 0.128658 0.001794 0.061883 0.000000 0.936323 0.035420 0.001996 0.899975 0.062609 0.303893 0.581509 0.114599 0.000000 0.435580 0.266055 0.128440 0.169924 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0781.1 MOTIF MA0064.1 PBF letter-probability matrix: alength= 4 w= 5 nsites= 16 E= 0 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.062500 0.562500 0.062500 0.312500 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0064.1