MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF UN0078.1 PK28187.1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 997 E= 0 0.004012 0.004012 0.004012 0.987964 0.990991 0.003003 0.003003 0.003003 0.003003 0.990991 0.003003 0.003003 0.003003 0.990991 0.003003 0.003003 0.003003 0.003003 0.003003 0.990991 0.990991 0.003003 0.003003 0.003003 0.003003 0.990991 0.003003 0.003003 0.004012 0.987964 0.004012 0.004012 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0078.1 MOTIF MA0782.1 PKNOX1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 19608 E= 0 0.004794 0.011934 0.003723 0.979549 0.001036 0.004281 0.994097 0.000586 0.990132 0.000340 0.008280 0.001248 0.000607 0.998952 0.000000 0.000441 0.997306 0.000168 0.002133 0.000393 0.000988 0.000314 0.945495 0.053203 0.055728 0.454833 0.488132 0.001307 0.000259 0.001813 0.000829 0.997099 0.015636 0.000577 0.983520 0.000267 0.010028 0.005303 0.000473 0.984196 0.001052 0.994407 0.003821 0.000720 0.963325 0.003115 0.010549 0.023010 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0782.1 MOTIF MA0782.2 PKNOX1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 39963 E= 0 0.245502 0.237795 0.240197 0.276506 0.256362 0.245927 0.238596 0.259115 0.130671 0.040663 0.083127 0.745540 0.041388 0.029027 0.903486 0.026099 0.919826 0.016966 0.033281 0.029928 0.058179 0.103170 0.655156 0.183495 0.028526 0.021970 0.025699 0.923805 0.013888 0.025123 0.943698 0.017291 0.910192 0.010259 0.061532 0.018017 0.016290 0.947026 0.014513 0.022171 0.850337 0.023622 0.060256 0.065786 0.068689 0.119085 0.684808 0.127418 0.211496 0.408903 0.228411 0.151190 0.215624 0.234867 0.226710 0.322799 0.263294 0.231915 0.257638 0.247154 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0782.2 MOTIF MA0783.1 PKNOX2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 1238 E= 0 0.029887 0.000000 0.007270 0.962843 0.000716 0.004298 0.994986 0.000000 0.980803 0.002618 0.011344 0.005236 0.000000 0.992851 0.000000 0.007149 0.995741 0.000000 0.000852 0.003407 0.004919 0.000000 0.912157 0.082923 0.037321 0.290909 0.671770 0.000000 0.000000 0.003311 0.000000 0.996689 0.002183 0.000728 0.997089 0.000000 0.008258 0.023947 0.004129 0.963666 0.008560 0.984436 0.004669 0.002335 0.974611 0.000819 0.017199 0.007371 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0783.1 MOTIF MA0163.1 PLAG1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 18 E= 0 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.166667 0.000000 0.777778 0.055556 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.944444 0.055556 0.000000 0.777778 0.222222 0.000000 0.000000 0.833333 0.055556 0.111111 0.222222 0.555556 0.055556 0.166667 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.611111 0.277778 0.111111 0.000000 0.111111 0.000000 0.777778 0.111111 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.888889 0.111111 0.111111 0.000000 0.888889 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0163.1 MOTIF MA1548.1 PLAGL2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 999 E= 0 0.224224 0.224224 0.224224 0.327327 0.039078 0.039078 0.814629 0.107214 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.151151 0.848849 0.000000 0.000000 0.799800 0.200200 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.925926 0.000000 0.074074 0.090271 0.686058 0.025075 0.198596 0.210210 0.210210 0.210210 0.369369 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1548.1 MOTIF MA1377.1 PLT1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 19 nsites= 195 E= 0 0.153846 0.066667 0.497436 0.282051 0.215385 0.025641 0.569231 0.189744 0.015385 0.876923 0.000000 0.107692 0.748718 0.046154 0.123077 0.082051 0.010256 0.958974 0.015385 0.015385 0.148718 0.020513 0.800000 0.030769 0.302564 0.210256 0.328205 0.158974 0.471795 0.046154 0.082051 0.400000 0.189744 0.102564 0.025641 0.682051 0.220513 0.420513 0.000000 0.358974 0.066667 0.528205 0.005128 0.400000 0.000000 0.989744 0.000000 0.010256 0.241026 0.046154 0.646154 0.066667 0.969231 0.000000 0.030769 0.000000 0.082051 0.046154 0.728205 0.143590 0.389744 0.015385 0.584615 0.010256 0.410256 0.317949 0.051282 0.220513 0.410256 0.143590 0.251282 0.194872 0.369231 0.169231 0.276923 0.184615 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1377.1 MOTIF MA1378.1 PLT3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 531 E= 0 0.020716 0.649718 0.030132 0.299435 0.254237 0.661017 0.024482 0.060264 0.003766 0.045198 0.005650 0.945386 0.062147 0.672316 0.062147 0.203390 0.003766 0.013183 0.973635 0.009416 0.418079 0.000000 0.523540 0.058380 0.314501 0.013183 0.448211 0.224105 0.693032 0.030132 0.086629 0.190207 0.419962 0.045198 0.077213 0.457627 0.180791 0.288136 0.182674 0.348399 0.069680 0.700565 0.032015 0.197740 0.043315 0.020716 0.890772 0.045198 0.156309 0.146893 0.111111 0.585687 0.184557 0.026365 0.726930 0.062147 0.246704 0.489642 0.045198 0.218456 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1378.1 MOTIF UN0276.1 PNRC2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 998 E= 0 0.726453 0.182365 0.091182 0.000000 0.874749 0.000000 0.000000 0.125251 0.687375 0.000000 0.000000 0.312625 0.312625 0.687375 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.937813 0.000000 0.062187 0.062187 0.000000 0.000000 0.937813 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0276.1 MOTIF MA0955.1 POPTR_0002s00440g letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 1001 E= 0 0.200799 0.265734 0.324675 0.208791 0.009009 0.029029 0.954955 0.007007 0.008000 0.011000 0.099000 0.882000 0.951952 0.043043 0.005005 0.000000 0.153000 0.706000 0.029000 0.112000 0.041041 0.080080 0.859860 0.019019 0.187812 0.049950 0.695305 0.066933 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0955.1