MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA1552.1 RARB(var.3) letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 472 E= 0 0.459746 0.063559 0.358051 0.118644 0.698259 0.087041 0.214700 0.000000 0.005736 0.032505 0.902486 0.059273 0.017794 0.007117 0.839858 0.135231 0.034483 0.105090 0.085386 0.775041 0.010000 0.944000 0.014000 0.032000 0.677895 0.000000 0.315789 0.006316 0.006250 0.010417 0.000000 0.983333 0.032000 0.016000 0.944000 0.008000 0.892250 0.049149 0.034026 0.024575 0.136937 0.850450 0.000000 0.012613 0.023622 0.929134 0.015748 0.031496 0.018975 0.191651 0.085389 0.703985 0.133475 0.271186 0.116525 0.478814 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1552.1 MOTIF MA1553.1 RARG(var.3) letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 3442 E= 0 0.490703 0.085997 0.284137 0.139163 0.711231 0.085523 0.175425 0.027821 0.029632 0.009877 0.918847 0.041644 0.008445 0.006063 0.745344 0.240147 0.078146 0.066561 0.073376 0.781917 0.007613 0.935835 0.015769 0.040783 0.750648 0.002591 0.240426 0.006335 0.009327 0.014132 0.003674 0.972866 0.025341 0.012810 0.958507 0.003342 0.867877 0.049420 0.032274 0.050429 0.223743 0.772442 0.001122 0.002693 0.029330 0.952407 0.004981 0.013282 0.014316 0.182131 0.072906 0.730647 0.124020 0.289863 0.081905 0.504211 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1553.1 MOTIF MA0582.1 RAV1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 49 E= 0 0.285714 0.346939 0.244898 0.122449 0.313725 0.215686 0.196078 0.274510 0.122807 0.245614 0.614035 0.017544 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.691176 0.176471 0.132353 0.000000 0.898551 0.057971 0.043478 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.130435 0.101449 0.463768 0.304348 0.594203 0.057971 0.057971 0.289855 0.492754 0.086957 0.144928 0.275362 0.391304 0.130435 0.246377 0.231884 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0582.1 MOTIF MA0583.1 RAV1(var.2) letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 62 E= 0 0.354839 0.193548 0.161290 0.290323 0.203125 0.234375 0.125000 0.437500 0.123077 0.753846 0.015385 0.107692 0.615385 0.092308 0.123077 0.169231 0.015385 0.861538 0.046154 0.076923 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.436364 0.127273 0.345455 0.090909 0.222222 0.277778 0.333333 0.166667 0.230769 0.269231 0.307692 0.192308 0.173913 0.434783 0.108696 0.282609 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0583.1 MOTIF MA0718.1 RAX letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 2413 E= 0 0.321177 0.153336 0.381683 0.143804 0.140547 0.398425 0.173715 0.287313 0.080724 0.483214 0.009430 0.426631 0.975728 0.006877 0.001214 0.016181 0.970233 0.015286 0.004827 0.009654 0.048521 0.000000 0.000000 0.951479 0.027276 0.027276 0.018824 0.926623 0.942924 0.000000 0.007819 0.049257 0.435919 0.117793 0.290751 0.155537 0.223466 0.347430 0.158789 0.270315 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0718.1 MOTIF MA0717.1 RAX2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 38859 E= 0 0.137265 0.406856 0.181399 0.274480 0.080669 0.445404 0.038271 0.435655 0.795806 0.062665 0.091950 0.049579 0.921508 0.036116 0.017951 0.024425 0.006751 0.018453 0.003126 0.971670 0.045361 0.088587 0.052604 0.813447 0.842548 0.057326 0.007805 0.092320 0.345102 0.192661 0.318108 0.144129 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0717.1 MOTIF MA0576.1 RAX3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 100 E= 0 0.220000 0.180000 0.420000 0.180000 0.000000 0.140000 0.860000 0.000000 0.180000 0.040000 0.780000 0.000000 0.140000 0.090000 0.550000 0.220000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.780000 0.040000 0.040000 0.140000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.960000 0.040000 0.040000 0.320000 0.600000 0.040000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0576.1 MOTIF MA1116.1 RBPJ letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 2402 E= 0 0.143630 0.350541 0.251457 0.254371 0.203580 0.363031 0.327644 0.105745 0.000833 0.004996 0.000833 0.993339 0.014571 0.010408 0.974604 0.000416 0.003747 0.008326 0.962948 0.024979 0.002914 0.003331 0.961282 0.032473 0.986261 0.000000 0.001665 0.012073 0.991674 0.006245 0.000416 0.001665 0.308909 0.272689 0.246461 0.171940 0.235221 0.241049 0.296003 0.227727 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1116.1 MOTIF PF0001.1 RCGCANGCGY letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 5624 E= 0 0.150071 0.000000 0.849929 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.077703 0.189723 0.426565 0.306010 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.869132 0.000000 0.130868 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PF0001.1 MOTIF MA0360.1 RDR1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 101 E= 0 0.247525 0.108911 0.108911 0.534653 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.860000 0.000000 0.000000 0.140000 0.267327 0.475248 0.128713 0.128713 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0360.1