MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF PB0054.1 Rfx3_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 23 nsites= 100 E= 0 0.220000 0.230000 0.150000 0.400000 0.260000 0.130000 0.320000 0.290000 0.120000 0.190000 0.170000 0.520000 0.110000 0.280000 0.410000 0.200000 0.343434 0.313131 0.121212 0.222222 0.190000 0.370000 0.160000 0.280000 0.170000 0.580000 0.130000 0.120000 0.009901 0.920792 0.049505 0.019802 0.257426 0.287129 0.128713 0.326733 0.000000 0.010101 0.000000 0.989899 0.850000 0.010000 0.140000 0.000000 0.040000 0.000000 0.960000 0.000000 0.010000 0.920000 0.000000 0.070000 0.949495 0.000000 0.040404 0.010101 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.990000 0.000000 0.010000 0.210000 0.370000 0.320000 0.100000 0.320000 0.190000 0.370000 0.120000 0.326733 0.178218 0.227723 0.267327 0.300000 0.190000 0.130000 0.380000 0.297030 0.267327 0.099010 0.336634 0.420000 0.190000 0.130000 0.260000 0.390000 0.200000 0.130000 0.280000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0054.1 MOTIF PB0158.1 Rfx3_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 23 nsites= 100 E= 0 0.310000 0.280000 0.260000 0.150000 0.130000 0.600000 0.130000 0.140000 0.100000 0.160000 0.180000 0.560000 0.130000 0.280000 0.330000 0.260000 0.316832 0.227723 0.178218 0.277228 0.110000 0.380000 0.280000 0.230000 0.230000 0.290000 0.290000 0.190000 0.040000 0.840000 0.070000 0.050000 0.220000 0.190000 0.090000 0.500000 0.040000 0.030000 0.030000 0.900000 0.303030 0.030303 0.656566 0.010101 0.010101 0.020202 0.949495 0.020202 0.490000 0.000000 0.010000 0.500000 0.040000 0.020000 0.240000 0.700000 0.950000 0.010000 0.020000 0.020000 0.020202 0.949495 0.010101 0.020202 0.290000 0.390000 0.230000 0.090000 0.340000 0.200000 0.310000 0.150000 0.200000 0.470000 0.180000 0.150000 0.320000 0.270000 0.310000 0.100000 0.410000 0.200000 0.230000 0.160000 0.300000 0.180000 0.250000 0.270000 0.150000 0.310000 0.360000 0.180000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0158.1 MOTIF PB0055.1 Rfx4_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 100 E= 0 0.140000 0.320000 0.210000 0.330000 0.360000 0.280000 0.140000 0.220000 0.170000 0.560000 0.180000 0.090000 0.000000 0.960000 0.030000 0.010000 0.400000 0.250000 0.120000 0.230000 0.000000 0.010101 0.000000 0.989899 0.770000 0.010000 0.220000 0.000000 0.040404 0.000000 0.959596 0.000000 0.010000 0.950000 0.000000 0.040000 0.960000 0.000000 0.030000 0.010000 0.990000 0.000000 0.010000 0.000000 0.000000 0.990000 0.000000 0.010000 0.111111 0.353535 0.464646 0.070707 0.282828 0.181818 0.373737 0.161616 0.280000 0.180000 0.220000 0.320000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0055.1 MOTIF PB0159.1 Rfx4_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 100 E= 0 0.240000 0.180000 0.150000 0.430000 0.333333 0.282828 0.181818 0.202020 0.150000 0.370000 0.270000 0.210000 0.020202 0.929293 0.030303 0.020202 0.270000 0.390000 0.130000 0.210000 0.060000 0.030000 0.060000 0.850000 0.505051 0.010101 0.484848 0.000000 0.000000 0.000000 0.989899 0.010101 0.363636 0.000000 0.000000 0.636364 0.010000 0.010000 0.040000 0.940000 0.950000 0.010000 0.020000 0.020000 0.009901 0.970297 0.009901 0.009901 0.220000 0.350000 0.330000 0.100000 0.230000 0.270000 0.290000 0.210000 0.297030 0.267327 0.217822 0.217822 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0159.1 MOTIF UN0261.1 Rfx6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 8550 E= 0 0.235673 0.238947 0.146082 0.379298 0.229240 0.242105 0.235673 0.292982 0.021871 0.919181 0.027135 0.031813 0.127836 0.749123 0.028304 0.094737 0.040234 0.124678 0.017076 0.818012 0.843860 0.007485 0.140936 0.007719 0.020936 0.011930 0.960819 0.006316 0.044211 0.874152 0.041988 0.039649 0.945614 0.013684 0.015439 0.025263 0.905263 0.030175 0.039649 0.024912 0.064561 0.796608 0.064561 0.074269 0.321053 0.339415 0.163392 0.176140 0.265263 0.222807 0.344444 0.167485 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0261.1 MOTIF PB0056.1 Rfxdc2_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 100 E= 0 0.190000 0.310000 0.210000 0.290000 0.140000 0.430000 0.190000 0.240000 0.260000 0.280000 0.360000 0.100000 0.010000 0.860000 0.100000 0.030000 0.370000 0.240000 0.150000 0.240000 0.010000 0.110000 0.000000 0.880000 0.848485 0.010101 0.141414 0.000000 0.030000 0.000000 0.960000 0.010000 0.010000 0.850000 0.000000 0.140000 0.939394 0.000000 0.050505 0.010101 0.980000 0.010000 0.010000 0.000000 0.000000 0.990000 0.000000 0.010000 0.110000 0.310000 0.550000 0.030000 0.280000 0.180000 0.410000 0.130000 0.310000 0.190000 0.280000 0.220000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0056.1 MOTIF PB0160.1 Rfxdc2_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.120000 0.370000 0.280000 0.230000 0.150000 0.180000 0.320000 0.350000 0.430000 0.210000 0.270000 0.090000 0.069307 0.663366 0.168317 0.099010 0.212121 0.151515 0.232323 0.404040 0.040404 0.191919 0.030303 0.737374 0.360000 0.040000 0.590000 0.010000 0.019802 0.019802 0.940594 0.019802 0.700000 0.010000 0.010000 0.280000 0.020000 0.020000 0.370000 0.590000 0.950000 0.010000 0.020000 0.020000 0.019802 0.940594 0.009901 0.029703 0.111111 0.333333 0.515152 0.040404 0.217822 0.247525 0.396040 0.138614 0.306931 0.178218 0.247525 0.267327 0.480000 0.130000 0.130000 0.260000 0.320000 0.230000 0.110000 0.340000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0160.1 MOTIF MA0629.1 Rhox11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.540000 0.130000 0.150000 0.180000 0.326733 0.277228 0.227723 0.168317 0.171717 0.111111 0.383838 0.333333 0.300000 0.280000 0.230000 0.190000 0.130000 0.560000 0.060000 0.250000 0.030000 0.010000 0.950000 0.010000 0.090000 0.760000 0.150000 0.000000 0.009901 0.000000 0.009901 0.980198 0.040000 0.000000 0.940000 0.020000 0.009901 0.009901 0.000000 0.980198 0.565657 0.000000 0.000000 0.434343 0.780000 0.040000 0.030000 0.150000 0.525253 0.101010 0.010101 0.363636 0.313131 0.111111 0.333333 0.242424 0.240000 0.360000 0.280000 0.120000 0.310000 0.160000 0.430000 0.100000 0.414141 0.131313 0.101010 0.353535 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0629.1 MOTIF PH0157.1 Rhox11_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.540000 0.130000 0.150000 0.180000 0.326733 0.277228 0.227723 0.168317 0.171717 0.111111 0.383838 0.333333 0.300000 0.280000 0.230000 0.190000 0.130000 0.560000 0.060000 0.250000 0.030000 0.010000 0.950000 0.010000 0.090000 0.760000 0.150000 0.000000 0.009901 0.000000 0.009901 0.980198 0.040000 0.000000 0.940000 0.020000 0.009901 0.009901 0.000000 0.980198 0.565657 0.000000 0.000000 0.434343 0.780000 0.040000 0.030000 0.150000 0.525253 0.101010 0.010101 0.363636 0.313131 0.111111 0.333333 0.242424 0.240000 0.360000 0.280000 0.120000 0.310000 0.160000 0.430000 0.100000 0.414141 0.131313 0.101010 0.353535 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0157.1 MOTIF PH0158.1 Rhox11_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.500000 0.140000 0.140000 0.220000 0.282828 0.242424 0.303030 0.171717 0.181818 0.101010 0.383838 0.333333 0.330000 0.270000 0.190000 0.210000 0.140000 0.560000 0.070000 0.230000 0.040000 0.010000 0.930000 0.020000 0.090000 0.780000 0.130000 0.000000 0.010000 0.000000 0.010000 0.980000 0.030000 0.000000 0.950000 0.020000 0.010000 0.010000 0.000000 0.980000 0.600000 0.010000 0.000000 0.390000 0.800000 0.030000 0.030000 0.140000 0.530000 0.100000 0.020000 0.350000 0.240000 0.130000 0.400000 0.230000 0.210000 0.290000 0.350000 0.150000 0.280000 0.190000 0.440000 0.090000 0.424242 0.151515 0.090909 0.333333 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0158.1