MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF PH0159.1 Rhox6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.360000 0.050000 0.050000 0.540000 0.310000 0.210000 0.400000 0.080000 0.237624 0.425743 0.148515 0.188119 0.280000 0.390000 0.180000 0.150000 0.080000 0.360000 0.040000 0.520000 0.030000 0.030000 0.010000 0.930000 0.868687 0.050505 0.010101 0.070707 0.939394 0.030303 0.030303 0.000000 0.000000 0.030303 0.030303 0.939394 0.070707 0.010101 0.050505 0.868687 0.930000 0.010000 0.030000 0.030000 0.520000 0.040000 0.360000 0.080000 0.070000 0.220000 0.120000 0.590000 0.080000 0.230000 0.420000 0.270000 0.101010 0.404040 0.393939 0.101010 0.250000 0.240000 0.240000 0.270000 0.212121 0.343434 0.141414 0.303030 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0159.1 MOTIF MA0202.1 Rx letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 27 E= 0 0.111111 0.481481 0.000000 0.407407 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.629630 0.000000 0.370370 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0202.1 MOTIF MA0512.1 Rxra letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 5348 E= 0 0.051982 0.845363 0.057031 0.045625 0.776739 0.078160 0.001683 0.143418 0.490464 0.047120 0.462416 0.000000 0.911930 0.000000 0.088070 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.725879 0.274121 0.000000 0.109013 0.120232 0.770755 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.215034 0.200075 0.436799 0.148093 0.306657 0.138743 0.293381 0.261219 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0512.1 MOTIF MA0512.2 Rxra letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 50494 E= 0 0.248901 0.099636 0.610191 0.041272 0.410276 0.003844 0.584439 0.001442 0.002847 0.001993 0.991045 0.004115 0.003220 0.001757 0.888363 0.106660 0.001143 0.002651 0.009046 0.987161 0.002033 0.929563 0.012096 0.056308 0.995862 0.001099 0.002586 0.000453 0.972359 0.001911 0.017826 0.007903 0.968733 0.001562 0.029298 0.000407 0.000976 0.001777 0.995971 0.001276 0.001512 0.002040 0.916411 0.080037 0.001092 0.002829 0.006627 0.989452 0.001373 0.952346 0.007586 0.038695 0.943841 0.003358 0.052014 0.000786 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0512.2 MOTIF PB0057.1 Rxra_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 101 E= 0 0.237624 0.217822 0.237624 0.306931 0.141414 0.282828 0.343434 0.232323 0.260000 0.260000 0.190000 0.290000 0.120000 0.410000 0.220000 0.250000 0.217822 0.079208 0.366337 0.336634 0.000000 0.050000 0.000000 0.950000 0.030000 0.010000 0.960000 0.000000 0.990000 0.010000 0.000000 0.000000 0.110000 0.890000 0.000000 0.000000 0.010000 0.990000 0.000000 0.000000 0.000000 0.770000 0.000000 0.230000 0.010000 0.850000 0.030000 0.110000 0.326733 0.039604 0.267327 0.366337 0.210000 0.260000 0.150000 0.380000 0.386139 0.178218 0.297030 0.138614 0.400000 0.270000 0.100000 0.230000 0.202020 0.232323 0.212121 0.353535 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0057.1 MOTIF PB0161.1 Rxra_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 99 E= 0 0.131313 0.101010 0.363636 0.404040 0.217822 0.514851 0.188119 0.079208 0.313131 0.161616 0.383838 0.141414 0.198020 0.504950 0.138614 0.158416 0.400000 0.060000 0.490000 0.050000 0.470000 0.060000 0.010000 0.460000 0.770000 0.060000 0.010000 0.160000 0.148515 0.039604 0.752475 0.059406 0.050000 0.060000 0.530000 0.360000 0.070000 0.100000 0.190000 0.640000 0.100000 0.320000 0.140000 0.440000 0.404040 0.070707 0.474747 0.050505 0.210000 0.240000 0.210000 0.340000 0.346535 0.158416 0.207921 0.287129 0.280000 0.360000 0.160000 0.200000 0.220000 0.180000 0.290000 0.310000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0161.1 MOTIF UN0379.1 S1FA3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 1980 E= 0 0.207071 0.187374 0.355051 0.250505 0.240404 0.289394 0.211111 0.259091 0.048990 0.040909 0.017172 0.892929 0.019697 0.004545 0.002525 0.973232 0.008586 0.967172 0.011616 0.012626 0.029293 0.544444 0.059596 0.366667 0.930303 0.008081 0.051515 0.010101 0.019192 0.015152 0.955556 0.010101 0.981313 0.002020 0.007576 0.009091 0.909091 0.009596 0.034848 0.046465 0.259091 0.191414 0.316667 0.232828 0.233333 0.383333 0.184343 0.198990 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0379.1 MOTIF PF0003.1 SCGGAAGY letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 6548 E= 0 0.000000 0.721442 0.278558 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.346518 0.000000 0.653482 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PF0003.1 MOTIF UN0101.1 SCHCODRAFT_110010 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 998 E= 0 0.250501 0.143287 0.143287 0.462926 0.333667 0.137275 0.049098 0.479960 0.000000 0.426426 0.000000 0.573574 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.911824 0.000000 0.088176 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.106212 0.288577 0.205411 0.399800 0.200602 0.398195 0.200602 0.200602 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0101.1 MOTIF UN0102.1 SCHCODRAFT_67234 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 998 E= 0 0.000000 0.222445 0.555110 0.222445 0.832833 0.042042 0.000000 0.125125 0.000000 0.160160 0.000000 0.839840 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.040080 0.959920 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.913741 0.043129 0.043129 0.000000 0.266533 0.200401 0.533066 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0102.1