MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MF0005.1 Forkhead class letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 0 0.030600 0.024200 0.000000 0.945200 0.246000 0.000000 0.742900 0.011100 0.000000 0.017900 0.007700 0.974400 0.003500 0.010299 0.000000 0.986201 0.013500 0.000000 0.086500 0.900000 0.761000 0.000000 0.206500 0.032500 0.022200 0.406800 0.063700 0.507300 0.169200 0.103200 0.226200 0.501400 0.066500 0.202800 0.115800 0.614900 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MF0005.1 MOTIF MA0047.1 Foxa2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 17 E= 0 0.352941 0.411765 0.176471 0.058824 0.647059 0.176471 0.058824 0.117647 0.470588 0.176471 0.058824 0.294118 0.000000 0.058824 0.000000 0.941176 0.647059 0.000000 0.352941 0.000000 0.000000 0.058824 0.000000 0.941176 0.000000 0.058824 0.000000 0.941176 0.000000 0.000000 0.352941 0.647059 0.529412 0.000000 0.470588 0.000000 0.000000 0.529412 0.000000 0.470588 0.058824 0.058824 0.058824 0.823529 0.000000 0.294118 0.000000 0.705882 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0047.1 MOTIF MA0047.2 Foxa2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 808 E= 0 0.001238 0.001238 0.001238 0.996287 0.273177 0.003708 0.719407 0.003708 0.001236 0.001236 0.001236 0.996292 0.001236 0.003708 0.044499 0.950556 0.001233 0.001233 0.215783 0.781751 0.908642 0.004938 0.082716 0.003704 0.002469 0.895062 0.002469 0.100000 0.417800 0.095179 0.003708 0.483313 0.061805 0.327565 0.071693 0.538937 0.516729 0.007435 0.029740 0.446097 0.162531 0.065757 0.598015 0.173697 0.160648 0.242839 0.361146 0.235367 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0047.2 MOTIF PB0015.1 Foxa2_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 101 E= 0 0.336634 0.207921 0.128713 0.326733 0.410000 0.180000 0.180000 0.230000 0.410000 0.130000 0.090000 0.370000 0.603960 0.079208 0.108911 0.207921 0.430000 0.040000 0.150000 0.380000 0.090000 0.010000 0.890000 0.010000 0.000000 0.040000 0.000000 0.960000 0.920000 0.070000 0.000000 0.010000 0.920000 0.070000 0.000000 0.010000 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.000000 0.660000 0.000000 0.340000 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.720000 0.070000 0.050000 0.160000 0.540000 0.100000 0.100000 0.260000 0.250000 0.270000 0.300000 0.180000 0.306931 0.207921 0.247525 0.237624 0.220000 0.280000 0.250000 0.250000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0015.1 MOTIF PB0119.1 Foxa2_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 100 E= 0 0.340000 0.230000 0.280000 0.150000 0.346535 0.237624 0.257426 0.158416 0.430000 0.130000 0.190000 0.250000 0.590000 0.090000 0.160000 0.160000 0.584158 0.227723 0.089109 0.099010 0.090000 0.100000 0.100000 0.710000 0.790000 0.060000 0.080000 0.070000 0.740000 0.030000 0.090000 0.140000 0.070000 0.720000 0.060000 0.150000 0.820000 0.080000 0.030000 0.070000 0.600000 0.150000 0.100000 0.150000 0.530000 0.140000 0.190000 0.140000 0.230000 0.290000 0.280000 0.200000 0.202020 0.232323 0.434343 0.131313 0.200000 0.290000 0.310000 0.200000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0119.1 MOTIF MA0041.1 Foxd3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 47 E= 0 0.234043 0.063830 0.553191 0.148936 0.638298 0.042553 0.000000 0.319149 0.510638 0.021277 0.000000 0.468085 0.021277 0.085106 0.000000 0.893617 0.255319 0.000000 0.723404 0.021277 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.021277 0.000000 0.000000 0.978723 0.106383 0.000000 0.212766 0.680851 0.297872 0.000000 0.446809 0.255319 0.127660 0.148936 0.000000 0.723404 0.021277 0.042553 0.085106 0.851064 0.000000 0.255319 0.000000 0.744681 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0041.1 MOTIF MA1606.1 Foxf1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 59540 E= 0 0.388965 0.180601 0.209305 0.221129 0.290141 0.126973 0.139184 0.443702 0.311287 0.063050 0.564310 0.061354 0.009540 0.007491 0.019449 0.963520 0.962261 0.015099 0.007474 0.015166 0.905979 0.037773 0.013621 0.042627 0.960144 0.007978 0.017921 0.013957 0.007340 0.913571 0.008767 0.070322 0.947867 0.012513 0.007440 0.032180 0.313621 0.212345 0.240074 0.233960 0.341334 0.196758 0.215721 0.246187 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1606.1 MOTIF PB0016.1 Foxj1_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.450000 0.210000 0.120000 0.220000 0.267327 0.217822 0.247525 0.267327 0.370000 0.180000 0.170000 0.280000 0.353535 0.030303 0.585859 0.030303 0.040000 0.090000 0.010000 0.860000 0.828283 0.161616 0.000000 0.010101 0.840000 0.070000 0.000000 0.090000 0.960396 0.009901 0.009901 0.019802 0.010000 0.910000 0.000000 0.080000 0.940594 0.009901 0.009901 0.039604 0.600000 0.170000 0.070000 0.160000 0.710000 0.040000 0.070000 0.180000 0.303030 0.292929 0.181818 0.222222 0.290000 0.180000 0.250000 0.280000 0.240000 0.210000 0.250000 0.300000 0.220000 0.160000 0.290000 0.330000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0016.1 MOTIF PB0120.1 Foxj1_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 100 E= 0 0.430000 0.170000 0.170000 0.230000 0.190000 0.280000 0.200000 0.330000 0.340000 0.190000 0.370000 0.100000 0.080000 0.190000 0.230000 0.500000 0.188119 0.534653 0.188119 0.089109 0.810000 0.030000 0.150000 0.010000 0.040000 0.550000 0.040000 0.370000 0.850000 0.030000 0.070000 0.050000 0.800000 0.140000 0.030000 0.030000 0.100000 0.800000 0.060000 0.040000 0.696970 0.030303 0.121212 0.151515 0.520000 0.140000 0.180000 0.160000 0.170000 0.390000 0.230000 0.210000 0.435644 0.198020 0.227723 0.138614 0.230000 0.450000 0.150000 0.170000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0120.1 MOTIF MA0614.1 Foxj2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 999 E= 0 0.461461 0.000000 0.538539 0.000000 0.050050 0.025025 0.000000 0.924925 0.795000 0.205000 0.000000 0.000000 0.977978 0.000000 0.000000 0.022022 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.954000 0.000000 0.046000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.593594 0.125125 0.125125 0.156156 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0614.1