MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0650.2 HOXA13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 953 E= 0 0.308499 0.368311 0.304302 0.018888 0.049567 0.750590 0.199843 0.000000 0.000000 0.946429 0.000000 0.053571 0.707715 0.292285 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.982492 0.000000 0.017508 0.000000 0.998953 0.000000 0.001047 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.724374 0.186029 0.027335 0.062263 0.156800 0.606400 0.081600 0.155200 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0650.2 MOTIF MA0900.1 HOXA2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 8986 E= 0 0.244380 0.291453 0.263744 0.200423 0.175161 0.377699 0.296350 0.150790 0.087082 0.265667 0.049308 0.597943 0.595265 0.317854 0.066152 0.020730 0.911165 0.034885 0.049792 0.004158 0.000000 0.000000 0.000667 0.999333 0.015491 0.119985 0.000000 0.864524 0.947085 0.014230 0.003268 0.035417 0.243517 0.317084 0.316082 0.123317 0.182506 0.421322 0.227020 0.169152 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0900.1 MOTIF MA0900.2 HOXA2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 56949 E= 0 0.155929 0.341569 0.398356 0.104146 0.000000 0.060015 0.000000 0.939985 0.693129 0.301805 0.005066 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.965221 0.000000 0.034779 0.000000 0.186855 0.286753 0.390637 0.135755 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0900.2 MOTIF MA1496.1 HOXA4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 2945 E= 0 0.369779 0.134805 0.463497 0.031919 0.000000 0.282666 0.000000 0.717334 0.339544 0.593536 0.066920 0.000000 0.782027 0.000000 0.217973 0.000000 0.000000 0.000000 0.015644 0.984356 0.000000 0.061830 0.061115 0.877055 0.858042 0.051049 0.090909 0.000000 0.259169 0.241646 0.342298 0.156887 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1496.1 MOTIF MA0158.1 HOXA5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 15 E= 0 0.133333 0.866667 0.000000 0.000000 0.437500 0.000000 0.312500 0.250000 0.000000 0.437500 0.312500 0.250000 0.375000 0.000000 0.062500 0.562500 0.875000 0.000000 0.000000 0.125000 0.875000 0.000000 0.125000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.062500 0.375000 0.562500 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0158.1 MOTIF MA0158.2 HOXA5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 3130 E= 0 0.045367 0.265815 0.561981 0.126837 0.000000 0.336102 0.000000 0.663898 0.646294 0.336981 0.016725 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.220423 0.779577 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.153355 0.467412 0.361981 0.017252 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0158.2 MOTIF MA1497.1 HOXA6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 7201 E= 0 0.177059 0.221497 0.378836 0.222608 0.112656 0.145349 0.606758 0.135238 0.011776 0.401597 0.013535 0.573091 0.542081 0.283650 0.062707 0.111563 0.812296 0.084038 0.102425 0.001241 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.193069 0.023540 0.055870 0.727521 0.851182 0.011111 0.059338 0.078369 0.374948 0.191223 0.226635 0.207193 0.171389 0.341250 0.280556 0.206806 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1497.1 MOTIF MA1498.1 HOXA7 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 4227 E= 0 0.113792 0.198486 0.544594 0.143128 0.000000 0.547450 0.002125 0.450425 0.515174 0.406459 0.050823 0.027544 0.942895 0.018514 0.005577 0.033014 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.030571 0.000000 0.156701 0.812728 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.195884 0.406908 0.231133 0.166075 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1498.1 MOTIF MA0594.2 HOXA9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 2058 E= 0 0.316327 0.185131 0.482507 0.016035 0.106538 0.205385 0.055769 0.632308 0.042588 0.909292 0.008850 0.039270 0.274038 0.007430 0.718531 0.000000 0.000000 0.027794 0.000000 0.972206 0.529810 0.039639 0.023848 0.406703 0.851813 0.044560 0.011917 0.091710 0.455654 0.242239 0.059590 0.242517 0.225061 0.295012 0.204380 0.275547 0.212895 0.273114 0.302920 0.211071 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0594.2 MOTIF UN0124.1 HOXB1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 2074 E= 0 0.034233 0.339923 0.625844 0.000000 0.000000 0.170600 0.000000 0.829400 0.725725 0.163043 0.111232 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000499 0.999501 0.000000 0.100477 0.104051 0.795473 0.746552 0.017518 0.235930 0.000000 0.324675 0.287213 0.223776 0.164336 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0124.1